의혹을 제기한 여선웅 강남구의원(새정치민주연합)은 “10월 15일 의회에서 신연희 구청장이 구청 관련 기사에 달린 댓글들을 제시했다. 댓글 24개 가운데 20개가 구청 의정에 찬성했는데, 내용을 보니 구청 행정을 자세히 아는 사람들이 쓴 것 같았다”며 “해당 댓글들을 분석한 결과 대부분이 10월 14일 오전과 낮 시간대에 올라왔고, 작성자 아이디(ID)가 시민의식선진화팀원들의 업무용 e메일 ID와 유사했다”고 말했다. 논란이 된 댓글들은 다음과 같다. ‘강남구가 소신 잃지 않고 영동대로 원샷개발 이뤄내길’ ‘구청장님 잘하고 계십니다’ 등 구청을 옹호하는 발언과 ‘서울시의 불통행정을 바꾸는 것부터 시작해야 할 듯’ ‘법과 원칙을 지키지 않는 서울시의 잘못된 행정은 빨리 취소하길 바란다’ 등 서울시를 비판하는 내용이었다.
논란이 확대되자 구청 측은 “일부 댓글은 구청 직원들이 쓴 것이 맞다”고 시인하면서도 “직원들이 강남구민의 권익을 보호하려는 마음에 개인적으로 쓴 글일 뿐”이라고 선을 그었다. 구청 관계자는 “일부 언론이 구청 의정을 왜곡하고 있다. 강남구 차원에서의 댓글부대 운영은 당치도 않다”고 말했다. 또한 “‘서울시장 불통’ 등의 표현은 서울시와 강남구의 대립 상황을 설명하다 나온 용어일 뿐 직접적으로 서울시장을 비방하려는 의도는 없었던 것으로 보인다”고 해명했다.
한편 서울시는 구청의 댓글부대 운영 의혹과 관련해 12월 16일 검찰에 수사를 의뢰했다. 서울시 관계자는 “구청 직원들이 쓴 것으로 추정되는 315건의 댓글 가운데 142건이 삭제됐다”며 “증거 인멸 우려가 있어 서둘러 수사를 요청했다”고 말했다. 여선웅 의원도 12월 17일 서울중앙지방검찰청에 신연희 구청장과 구청 직원 14명에 대해 고발장을 제출했다. 여 의원은 “신 구청장이 10월 14일 도시선진화담당관에게 ‘구청장 훈시’로 ‘강남구 관련 논란에 홍보(대응)하라’고 지시한 문건을 확보해 조직적인 댓글부대의 정황이 드러났다”며 “‘여 의원은 의원직을 사퇴하라’는 자료를 배포한 구청 공보실 직원에 대해서도 명예훼손 및 공직선거법 위반으로 고발했다”고 말했다.